Am Anne-Frank-Gymnasium gibt es zwei Ausbildungsrichtungen: das Naturwissenschaftlich-technologische Gymnasium (NTG) und das Sprachliche Gymnasium (SG).

Die folgende Grafik zeigt den Aufbau und die Wahlmöglichkeitkeiten der einzelnen Zweige für das neunjährige Gymnasium, das mit dem Schuljahr 2017/2018 beginnend mit der 5. Jahrgangsstufe in Bayern eingeführt wurde.